A estrutura da FNP é composta por:
- Assembleia Geral – instância máxima de deliberação que acontece nas Reuniões Gerais da entidade;
- Presidência e Vice-Presidências Temáticas – eleitas entre os prefeitos membros;
- Secretaria-Executiva Nacional – responsável pela articulação institucional e operacional da entidade;
- Comissões Temáticas e Grupos de Trabalho – voltados à discussão e formulação de políticas públicas;
- Conselho Fiscal – responsável pela fiscalização financeira e contábil.
